Software die den Webclient von WhatsApp als Windows-Software in die Oberfläche einbinden sind nicht ganz unbeliebt. Letztendlich binden diese nur die Weboberfläche so ein, dass diese wie ein Programm aussieht. Dies hat Facebook wohl erkannt und arbeitet an einer WhatsApp Software die nativ auf Windows und Apples OS X läuft.
Diese dürfte nicht all zu viel tun, sondern nur oben genanntes Konzept eben auf gleiche Weise darstellen. Nur dass diese eben aus dem Hause Facebook kommt und Facebook damit garantieren kann, dass statt der Entwickler auch nur das soziale Netzwerk eure Daten abgreifen kann.
Mit der neu eingeführten Ende-zu-Ende Verschlüsselung ist es Facebook dann auch nicht mehr möglich in eure Chatnachrichten zu schauen. Ihr solltet aber in den Einstellungen auf eurem Telefon die Benachrichtigungen für die Verschlüsselung aktivieren. Dann werdet ihr bei Änderungen in der Verschlüsselung eines Chats einmal kurz informiert, dass euer Gegenüber (bzw. dessen neuer Verschlüsselungs-Key) nicht mehr verifiziert werden kann.